假設是科學認識的重要步驟，也是科學發展的形式。

一般認為，科學理論的發展，都要經過假設的階段，都以假設的形式向前推進，并發展為科學理論的。另外假設不僅在自然科學里廣泛使用，而且在社會科學里也應用頗多，“假設-驗證”理論框架逐漸成為自然科學抑或社會科學的一種研究范式。

很多問題的發現解決和理論的形成有賴于假設的提出，假設的形成是提出問題的過程，有時提出問題比解決問題更重要，假設思維的形成有利于提出好的問題。比如物理學中原子構造的假說?；瘜W中關于電離的假說，生物學中關于葉綠素發生過程的假說，以上理論，開始都是以假說的形式提出問題，以假說為起點進行研究，如果驗證假說，則形成理論，如果證明假說不成立，則假說為假。

假設的提出是為后續的研究活動形成邏輯起點，也就是后續的實驗開展是以假設為基本前提，實驗形成結論驗證假設，則假設成立，如果與假設矛盾，則假設不成立。這是假設-驗證理論框架的基本原理。

統計學中的假設-檢驗的基本思想即為此，首先做原假設，然后以原假設為前提條件（即原假設為真），以參數為變量進行概率計算，如果P值<0.05，即原假設為真時發生的可能性為小概率事件，即原假設不可能發生，假設不成立。反之亦然。

風險投資中的很多投資方法論也有使用“假設-驗證”的思想，比如對商業模式的假設、目標客戶的假設等，然后進行小范圍內的驗證，驗證成功，則可以大規模的落地復制。如果驗證失敗，重新假設驗證……

關于藥物開發中的“假設-驗證”理論多用于新藥(505(b)(1))改良型新藥(505(b)(2))，方法論步驟首先是假設（即提出問題），然后開展試驗對假設進行驗證。

藥物開發中的假設新藥開發通常為一個新靶點/機制/通路/新分子實體對某個適應癥具有效果，可以滿足未獲滿足的臨床需求，然后以假設作為邏輯起點，設計試驗，比如合成，選擇先導化合物進行動物試驗，臨床試驗，證實是否具有有效性和安全性。而改良型新藥的假設一般為提高有效性/安全性，改善依從性，然后設計試驗，即形成證據的過程，驗證假設是否成立。

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